Wraz z początkiem wojny szpital został zarekwirowany przez Niemców. Pozostał placówką leczniczą, a także miejscem konspiracyjnej działalności prowadzonej przez siostry Świętej Rodziny.

Ze względu na obecność wśród sióstr obywatelek pochodzenia niemieckiego okupanci hitlerowscy pozwolili im pozostać w szpitalu i zapewniać opiekę pielęgniarską, przy czym główny nacisk był położony na leczenie pacjentów niemieckich.

Narzucono im jednak kierownictwo i administrację niemiecką oraz warunki zbliżone do życia w łagrze.

W 1940 r. zmieniono nazwę szpitala, nadają mu imię niemieckiego profesora. Płytę z napisem umieszczono, zakrywając nazwę Świętej Rodziny. Napis ten został zdjęty z chwilą wejścia do miasta wojsk radzieckich w styczniu 1945 r., a szpital powrócił do nazwy Szpital Świętej Rodziny.